Małgorzata Kuczewska–Łaska kierowała spółką od 30 lipca 2009 roku.  Wcześniej była członkiem zarządu, dyrektorem finansowym spółki. Na stanowisku szefa największego polskiego przewoźnika zastąpiła Tomasza Moraczewskiego, obecnie prezesa spółki zarządzającej bydgoskim lotniskiem.

Robert Nowakowski zasiadał już w zarządzie Przewozów Regionalnych. Od stycznia 2008 do kwietnia 2009 zajmował stanowisko dyrektora handlowego. Przed przekazaniem spółki samorządom, kiedy była ona częścią Grupy PKP był m.in. zastępcą dyrektora  w Mazowieckim Zakładzie Przewozów Regionalnych.