Nieoficjalnie poinformowano go, że decyzja związana jest z jego „kontaktami z przedstawicielami obcych państw". Wiadomo jednak także, że Pasionek od dłuższego czasu pozostawał w ostrym konflikcie z szefem Naczelnej Prokuratury Wojskowej gen. Krzysztofem Parulskim.
Pasionek jest cywilem. Według informatorów "Rz" Parulski nie ufał mu, bo utożsamiał go z poprzednimi władzami prokuratury.
Pasionek był zastępcą Zbigniewa Wassermana jako koordynatora służb specjalnych. Wcześniej jako specjalista od zorganizowanej przestępczości ścigał m.in. tzw. śląską ośmiornicę.
Pasionek krytykował Parulskiego m.in. za sposób, w jaki prokuratura wojskowa przygotowała jego wizytę w Moskwie w czerwcu ubiegłego roku. Po przyjeździe okazało się, że nie przesłano do Moskwy wymaganych dokumentów. Z tego powodu dwutygodniową delegację w Moskwie spędził głównie w hotelu, pracując zaledwie trzy dni.
Parulski już wcześniej atakował Pasionka za kontakty z przedstawicielami obcych państw. Prawdopodobnie chodzi o to, że prokurator, korzystając ze swoich znajomości z czasów, kiedy był zastępcą ministra Wassermana, zwracał się do Amerykanów o pomoc w śledztwie. Próbował ich przekonać do przekazania stronie polskiej m.in. zdjęć satelitarnych z miejsca katastrofy.