W 2007 roku, zamiast ubiegać się o reelekcję, poparł kandydaturę żony. Tak skutecznie, że Cristina Fernández de Kirchner wygrała wybory. W przyszłym roku role znów miały się odwrócić, ale plany parze prezydenckiej pokrzyżowała choroba Néstora. Zmarł na atak serca. Miał 60 lat.