W opublikowanym komunikacie prokuratura stwierdza, że Sąd Krajowy, w którym zasiada sędzia Baltasar Garzon, nie jest kompetentny do zajmowania się tą sprawą. Śledztwa powinny podjąć sądy rejonowe, właściwe dla miejsc, w których zostały popełnione przestępstwa.
To nie jedyne zastrzeżenie do inicjatywy Garzona. Według prokuratora Javiera Zaragozy czyny, które chce ścigać, w chwili popełnienia (podczas wojny domowej 1936 – 1939 i tuż po jej zakończeniu) były zwykłymi przestępstwami, nieuznawanymi za zbrodnie wojenne. A co za tym idzie uległy przedawnieniu. Nie mówiąc już o tym, że podlegają amnestii ogłoszonej w 1977 roku, dwa lata po śmierci generała Francisco Franco.
Apelacja prokuratury nie oznacza powstrzymania ekshumacji szczątków zabitych z masowych grobów, którą zarządził sędzia. Zdaniem tej instancji, w tym wypadku Baltasar Garzon wyważa jednak otwarte drzwi. Jak podkreśla w swym komunikacie prokuratura, przeforsowana rok temu przez socjalistyczny rząd Hiszpanii ustawa o pamięci historycznej, rehabilitująca republikanów i ich rodziny, „zapewnia odpowiednie ramy prawne do przywrócenia i ochrony praw ofiar’’. Zobowiązała ona państwo hiszpańskie między innymi do pomocy w lokalizowaniu i identyfikacji ponad 100 tysięcy ofiar wojny domowej po stronie republikańskiej, pochowanych w zbiorowych mogiłach rozsianych po całym kraju. Ustawa przewiduje też odszkodowania dla rodzin ofiar i usunięcie frankistowskich symboli z miejsc publicznych.
Stowarzyszenie na rzecz Odzyskania Pamięci Historycznej, nie czekając na ustawę ani na nakaz sędziego Garzona, rozpoczęło już w 2000 roku poszukiwania. To z jego inicjatywy zostały ekshumowane szczątki większości z 4000 osób wydobytych w ciągu ostatnich siedmiu lat w Hiszpanii ze 170 zbiorowych mogił.
Rząd José Zapatero nie chce się mieszać do sporu prawników i historyków o sąd nad Franco, by nie zostać oskarżonym o wywieranie presji na wymiar sprawiedliwości. Premier stwierdził wprawdzie podczas weekendu, że szanuje decyzję sędziego, wyraził jednak opinię, że „frankizm już został ostatecznie osądzony przez historię”.Według konserwatywnej gazety „ABC” te słowa można interpretować jako przyznanie, że zapowiadany przez Garzona spektakularny proces nie jest socjalistycznemu premierowi na rękę, między innymi z powodu podważenia amnestii.
