Dziś jest uważany – obok ks. Andrzeja Hlinki – za ojca niepodległości Słowaków.
Štefánik wywodził się z rodziny słowackich ewangelików. To ważne, bo emancypację narodową Słowaków w XIX w. rozpoczęły właśnie ewangelickie elity. Milan Štefánik szybko się zorientował, że w państwie austro-węgierskim, które w tamtym czasie przeżywało intensywną madziaryzację, nie ma szans na zdobycie wyższego wykształcenia bez utraty słowackiej tożsamości. Na studia wybrał więc Paryż, gdzie zrobił błyskotliwą karierę naukową. Był inżynierem i astronomem. Obserwował zaćmienia Słońca i ruchy komety Halleya. Pracował na Mont Blanc, w Brazylii i Ekwadorze, brał też udział w wyprawie naukowej na Tahiti.
Kilka lat przed I wojną światową związał się z ruchem niepodległościowym. Wtedy poznał Tomasza Masaryka, przywódcę czeskich niepodległościowców. W czasie wojny wstąpił do armii francuskiej. Szybko doszedł do stopnia generała lotnictwa.
Od 1917 roku pracował już wyłącznie na rzecz wspólnego państwa Czechów i Słowaków. Współtworzył siły czechosłowackie we Francji i we Włoszech. W 1918 r. w imieniu słowackich niepodległościowców patronował umowie pittsburskiej zakładającej stworzenie Czechosłowacji.
4 maja 1919 r. pilotowany przez Štefánika samolot lecący z Włoch do Bratysławy został – w niewyjaśnionych okolicznościach – zestrzelony w okolicach miejscowości Ivánka nad Dunajem.
