O tym, jakie było jego miejsce w polskiej debacie i rzeczywistości, najlepiej pokazują reakcje na wieść o jego śmierci. Media, mimo że pochłonięte były wówczas aresztowaniem Mariusza Kamińskiego i Macieja Wąsika oraz wejściem do Pałacu Prezydenckiego policji, znalazły jednak miejsce na szeroką informację, że odszedł ksiądz z archidiecezji krakowskiej. Żegnali go ludzie z każdej strony politycznego sporu. Zwolennicy PO i PiS, a nawet Lewicy, księża, którym na co dzień nie było z nim po drodze, czytelnicy „Gazety Wyborczej” i „Gazety Polskiej”, dawni opozycjoniści i opiekunowie osób z niepełnosprawnością, wojujący ateiści i zaangażowani działacze katoliccy. Tylko jego rodzima archidiecezja krakowska, której kapłanem był aż do śmierci, choć już w dniu śmierci wykreśliła go z listy duchownych, to jednocześnie – dzień po odejściu – nie wspomniała o tym fakcie ani słowem. Za to szeroko informowała o tym, że arcybiskup Marek Jędraszewski przejechał się tramwajem. Czy to się zmieni i archidiecezja znajdzie odwagę by wspomnieć tego kapłana? Mam nadzieję, jednak takie, a nie inne reakcje na tę śmierć doskonale pokazują, jak traktowany był ks. Isakowicz-Zaleski przez opinię publiczną z jednej strony i przez Kościół instytucjonalny z drugiej.