Stygmaty ojca Pio do dziś pozostają zagadką. Miał ich pięć, otrzymał je 20 września 1918 roku, gdy miał 31 lat i towarzyszyły mu przez kolejnych 50 lat. Przez ten czas nigdy nie doszło w nich do infekcji mimo, że pięć otwartych ran – na dłoniach, nogach i korpusie – nieustannie krwawiło.
Kilka miesięcy przed śmiercią ojca Pio stygmaty zaczęły znikać, a po śmierci nie miał po nich blizn. Lekarze nie potrafili tego wyjaśnić. „Sam dla siebie jestem tajemnicą” – zanotował słowa, które są mottem filmu dokumentalnego Jose Maria Zavala „Tajemnica ojca Pio” (emisja w poniedziałek 13 kwietnia o godz. 20.00 w Canal+ Dokument).