Kiedy w 1965 roku skończył studia, został wysłany z misją do Turcji, by tam pracować nad rozszyfrowaniem sowieckiego sposobu przesyłania informacji, których nikomu wcześniej nie udało się rozwikłać. On tego dokonał. W uznaniu zasług Binneya przeniesiono do siedziby głównej NSA. Przyszły kolejne sukcesy — w 1968 roku przewidział wkroczenie wojsk radzieckich do Czechosłowacji, a potem do Afganistanu – określił nawet datę.
Kiedy w 1993 roku faktem stał się pierwszy – jeszcze nie tak przerażający w skutkach – atak na World Trade Center, Binney pracował w NSA jako dyrektor techniczny wydziału analiz geopolitycznych i wojskowych. Był to czas przełomu – pojawiły się technologie cyfrowe.
Binney sprowadził najlepszych analityków. Chciał stworzyć schemat powiązań relacji wszystkich ludzi korzystających z telefonów komórkowych. Bardzo dużo wiedział o metadanych, czyli informacjach zawartych w informacji. – Okazał się świetnym analitykiem potrafiącym niestandardowo rozwiązywać problemy – mówią o nim w filmie jego ówcześni współpracownicy.
Ludzie mówili, że Billa trzeba się bać, bo jest wybitnym kryptomatematykiem. Ustalił m.in., że ważny jest schemat zachowań człowieka w sieci i jakie ślady po sobie zostawia, a nie – jakie maile i do kogo pisze.
Już wtedy, w czasie poszukiwania zagrażających USA terrorystów, w raportach zaczął pojawiać się Osama bin Laden, nawołujący do terrorystycznych aktów. Te notatki lekceważono jednak, bo uważano, że nie można traktować poważnie „tego obdartusa”, jak mówiono o Bin Ladenie. A Binney nauczył się działać sam w myśl wyznawanej przez siebie maksymy: „jeśli ktoś uważa, że coś jest niemożliwe, to się tym zajmij”.
W 2000 roku system ThinThread już pracował, a współpracowały z nim trzy ośrodki znajdujące się w Azji. Projekt uznano za jednak zbyt ryzykowny. Po ataku okazało się, że dzięki wynalazkowi, można było ustalić precyzyjnie porę ataków na World Trade Center...
