Niecałe 11 proc. swoich przychodów z 2009 r. przeznaczyła na działaność badawczo-rozwojową grupa Comarch. To znaczny spadek w porównaniu z 2008 r., kiedy wydatki na ten cel sięgnęły 19 proc. przychodów. Mimo spadku nakładów i zmniejszenia zatrudnienia w dziale B+R krakowska spółka wciąż jest liderem rankingu innowacyjnych firm „Rz”.
Kierowana przez Janusza Filipiaka firma jest dziś oprócz Asseco Poland praktycznie jedyną dużą polską grupą informatyczną, która prowadzi działalność poza granicami kraju. Rzeszowskie Asseco działa globalnie, przejmując spółki w Hiszpanii czy USA. Comarch skupił się na Europie Środkowej. Jedne z najważniejszych operacji spółka prowadzi w Niemczech. Tam także dba o swój wizerunek – Comarch jest głównym sponsorem TSV Monachium, klubu piłkarskiej Bundesligi.
Powstała w 1993 r. firma zaczęła od projektu uczelnianego. Janusz Filipiak, profesor krakowskiej AGH, chciał realizować na własną rękę projekty informatyczne, które nie mieściły się w działalności uczelnianej. Do przedsięwzięcia zaangażował swoich najzdolniejszych studentów. Jak tłumaczył jakiś czas temu w rozmowie z „Rz”, aż do 1998 r., daty pojawienia się Comarchu na giełdzie, spółka ściśle współpracowała z macierzystą uczelnią. Według Filipiaka to właśnie akademicka tradycja, wciąż obecna w firmie, pozwala pielęgnować w niej kulturę innowacyjności.
Główne branże, w jakich działa firma, to telekomunikacja, rozwiązania IT dla bankowości, sektora usług i administracji publicznej. Większość nowych produktów, jakie klientom tych sektorów oferuje Comarch, powstaje wewnątrz firmy. Krakowska grupa pieczołowicie chroni swoje pomysły patentami, a także dba o to, by w portfolio pojawiały się produkty zlokalizowane, które nie mają swoich odpowiedników za granicą. Innowacyjność nie oznacza jednak, że firma skupia się wyłącznie na rozwiązaniach szytych na miarę, skrojonych pod potrzeby konkretnych klientów – choć ma duże doświadczenie w takim modelu oferowania usług. Większość nakładów na innowacje produktowe w Comarchu przeznaczana jest na powtarzalne, standardowe produkty i usługi.