Dyrektywa dotyczy gromadzenia, oczyszczania i zrzutu ścieków komunalnych oraz oczyszczania i zrzutu ścieków niektórych sektorów przemysłowych, a jej celem jest ochrona środowiska przed niekorzystnymi skutkami tych zrzutów.

Dyrektywa zobowiązuje państwa członkowskie UE do wyposażania w określonych terminach wszystkich aglomeracji o równoważnej liczbie mieszkańców większej od 2000 w systemy kanalizacyjne dla ścieków komunalnych i zapewnienia biologicznego oczyszczania ścieków przed wprowadzeniem ich do wód, tak aby ścieki spełniały określone w dyrektywie wymagania dotyczące zawartości w nich substancji łatwo rozkładalnych biologicznie.

Dyrektywa zobowiązuje nas także do zidentyfikowania obszarów, których wody są podatne (wrażliwe) na eutrofizację*. Zgodnie z tymi kryteriami do wód pitnych podatnych na eutrofizację zalicza się: jeziora i inne słodkowodne zbiorniki, które mają słabą wymianę wody, oraz dopływające do nich rzeki; estuaria, zatoki i inne wody przybrzeżne, w których stwierdzono stan eutroficzny lub które w najbliższej przyszłości staną się eutroficzne, jeśli nie zostaną podjęte działania ochronne; wody powierzchniowe przeznaczone do ujmowania do celów pitnych, które mogą zawierać azotany w stężeniach wyższych od dopuszczonych przez dyrektywę dla tej kategorii wód, jeżeli nie zostaną podjęte środki zapobiegawcze; wody w zlewniach, w których niezbędne jest efektywne oczyszczanie ścieków, aby wody te mogły spełniać odnoszące się do nich inne dyrektywy UE.

[i]* Eutrofizacja – wzbogacenie wody substancjami odżywczymi, szczególnie związkami azotu i/lub fosforu, powodującymi przyspieszony wzrost glonów i wyższych form życia roślinnego, co jest przyczyną niepożądanych zakłóceń równowagi biologicznej wśród organizmów żyjących w wodzie oraz jakości wód. [/i]