Procedurę tworzenia obszarów Natura 2000 określają art. 27 i 27a ustawy o ochronie przyrody. Rozpoczyna ją przygotowanie przez generalnego dyrektora ochrony środowiska projektu listy obszarów Natura 2000, co następuje zgodnie z przepisami prawa unijnego.
Projekt listy proponowanych obszarów, a w istocie umieszczenie na niej konkretnego siedliska, wymaga uzyskania opinii właściwych miejscowo rad gmin. Opinia taka nie ma charakteru wiążącego i przyjmuje formę uchwały rady gminy. Jednocześnie ustawodawca wprowadził 30-dniowy termin na wydanie opinii przez radę gminy, liczony od dnia otrzymania projektu listy. Jego niedotrzymanie skutkuje uznaniem, że gmina do listy uwag nie wnosi.
Gmina (wiejska) Mrągowo stoi na stanowisku, że projekt listy obszarów Natura 2000, na której znalazł się obszar Mazurska Ostoja Żółwia Baranowo, nie został jej przekazany do konsultacji. A tym samym obszar ochronny został ustanowiony niezgodnie z prawem.
– Projekt listy obszarów Natura 2000 został przekazany do konsultacji jedynie radzie miasta Mrągowo, nie trafił natomiast do rady gminy Mrągowo – wyjaśnia Marianna Drężek, wiceprzewodnicząca rady gminy Mrągowo. – Zarówno generalny dyrektor ochrony środowiska, jak i regionalny dyrektor ochrony środowiska w Olsztynie, powinien dostrzegać różnicę między gminą miejską Mrągowo a gminą wiejską Mrągowo.
– Nie prowadziliśmy z właściwymi miejscowo radami gmin konsultacji projektu listy Natura 2000, a to dlatego, że ustanawianie tych obszarów nie należy do naszych kompetencji – mówi Stanisław Dąbrowski, regionalny dyrektor ochrony środowiska w Olsztynie. – To zadanie generalnego dyrektora ochrony środowiska.