Każdego roku spada wydajność rybacka jezior, czyli liczba kilogramów ryb, jaką można wyłowić z jednego hektara wód. Wpływ na taki stan rzeczy ma wiele czynników - m.in. niezagospodarowanie akwenów, nieprzestrzeganie limitów odłowów, niepełna wiedza na temat połowów amatorskich, które - jak się okazuje - wcale nie są niższe niż te komercyjne. Ogromny wpływ na stan zarybienia mają także żerujące kormorany.
W 91 obwodach rybackich leżących w gestii Regionalnych Zarządów Gospodarki Wodnej w Gdańsku i w Warszawie nie była prowadzona racjonalna gospodarka rybacka. Jeśli RZGW nie oddało do użytkowania akwenów, to samo zgodnie z prawem zobowiązane było do prowadzenia takiej gospodarki. Większość obwodów była niezagospodarowana od co najmniej siedmiu i pół roku. Jednak fakt braku zarybiania, nieutrzymywania właściwej struktury gatunkowej i pogłowia ryb nie był przeszkodą do sprzedaży zezwoleń na amatorski połów w tych obwodach.
Gospodarka rybacka prowadzona jest na podstawie operatów rybackich - dokumentów, które określają planowaną wielkość połowów, zarybienia, a nawet maksymalną liczbę osób, które w ciągu jednego dnia mogą amatorsko łowić w zbiorniku. 40 proc. skontrolowanych podmiotów wydało zezwolenia i regulaminy na amatorski połów ryb, które były niezgodne z zapisami operatów. Kontrolerzy NIK stwierdzili m.in.: różny limit dziennych połowów oraz niezgodność okresów ochronnych lub wymiarów gospodarczych ryb, które można odłowić. Tymczasem wszystkie zezwolenia wędkarskie powinny być dostosowane do założeń operatów.
W 2011 roku podmioty uprawnione do rybactwa wyłowiły w warmińsko-mazurskim ponad 1.065 tys. kg ryb. Ponad dwukrotnie więcej ryb „odłowił" kormoran. Zarybienia tylko w niewielkim stopniu są w stanie zrekompensować straty, jakie powodują kormorany i w żadnym stopniu nie służą odbudowie i utrzymaniu populacji ryb cennych ekologicznie, gospodarsko i wędkarsko. W Polsce brakuje strategii zarządzana tym gatunkiem. Od 2009 roku resort środowiska prowadzi prace nad dokumentem, który powinien być jak najszybciej ukończony i wdrożony do realizacji. Problem kormorana czarnego dotyczy nie tylko Polski ale również innych krajów Unii Europejskiej, dlatego rozwiązywanie tego problemu warto przenieść na szczebel międzynarodowy.
Nadzór nad rybactwem śródlądowym w Polsce sprawuje dwóch ministrów - Rolnictwa i Rozwoju Wsi oraz Środowiska. Bezpośrednie funkcje nadzorczo-kontrolne wykonywane są aż przez cztery organy administracji publicznej. System nadzoru jest zbyt skomplikowany i nadmiernie rozbudowany. NIK widzi potrzebę działań konsolidacyjnych w tym zakresie.
