Samorządy mają swobodę w dysponowaniu otrzymanymi z Funduszu środkami na rehabilitację zawodową i społeczną, ale ani PFRON, ani Pełnomocnik ds. Osób Niepełnosprawnych nie prowadzą ewaluacji dotyczącej skuteczności i efektywności wykorzystania tych pieniędzy.
W latach 2011-2013 samorządy powiatowe otrzymały na rehabilitację osób niepełnosprawnych ok. 2,5 mld zł. Z kwoty tej samorządy przeznaczyły zaledwie 10-13 proc. środków na tworzenie miejsc pracy dla osób niepełnosprawnych.
Prawie połowę środków PFRON i aż 94 proc. środków własnych samorządy wykorzystały na warsztaty terapii zajęciowej, których podstawowym celem jest rehabilitacja społeczna i zawodowa uczestników. Kontrola NIK wykazała jednak, że warsztaty nie spełniały swojej roli. W latach 2011-2013 w powiatach objętych kontrolą tylko 1-2 proc. osób biorących udział w warsztatach podjęło pracę. Jednocześnie z 23 proc. do 33 proc. wzrósł udział osób uczestniczących w zajęciach dłużej niż 9 lat. NIK podkreśla, że częstą przyczyną długotrwałego uczestnictwa niepełnosprawnych w warsztatach terapii zajęciowej jest brak miejsc w zakładach pracy chronionej dla osób, które nie rokują postępów w rehabilitacji.
18 proc. środków na rehabilitację otrzymanych z PFRON samorządy przeznaczyły na zakup sprzętu rehabilitacyjnego, w tym dofinansowanie zakupu wózków inwalidzkich i sprzętu ortopedycznego o podwyższonym standardzie. W ocenie NIK finansowanie rehabilitacji leczniczej jest domeną innych instytucji, takich jak NFZ, i nie powinno być realizowane przez PFRON, pomimo formalnej zgodności z obowiązującym prawem. Również w opinii organizacji pozarządowych reprezentujących interesy osób niepełnosprawnych, obciążanie PFRON wydatkami na rehabilitację leczniczą zmniejsza pulę środków na rehabilitację zawodową i społeczną. Środki te mogłyby być wykorzystane na inne priorytetowe cele, jak np. usuwanie barier architektonicznych, czy pomoc na rzecz zatrudniania tych osób.
W badanym okresie Zarząd PFRON nie prowadził tzw. ewaluacji, czyli oceny efektywności i skuteczności wykorzystania środków przekazanych według algorytmu, mimo iż w objętych kontrolą powiatach stanowiły one prawie 85 proc. kwoty przeznaczonej na rehabilitację. Prowadzone przez Fundusz badania ewaluacyjne i audytowe dotyczyły wyłącznie programów uchwalonych przez Radę Nadzorczą. Także Biuro Pełnomocnika Rządu ds. Osób Niepełnosprawnych nie prowadziło analiz skuteczności i efektywności finansowania poszczególnych form rehabilitacji realizowanych przez samorządy. Według Pełnomocnika to samorządy są odpowiedzialne za prowadzenie takiej analizy i ewaluacji. NIK nie podziela tego poglądu, nie widzi przeszkód w wykonywaniu takich analiz na szczeblu krajowym przez Biuro Pełnomocnika.