Z 47 realizowanych obecnie programów wieloletnich NIK skontrolowała siedem, z obszaru szkolnictwa wyższego i ochrony zdrowia. Na ich realizację zaplanowano w 2014 r. prawie 640 mln zł (ok. 7 proc. planowanych wydatków na wszystkie programy wieloletnie tylko w roku 2014). W sumie na siedem skontrolowanych inwestycji przeznaczono ok. 9 mld zł.
NIK zauważa poprawę w realizacji wieloletnich programów z zakresu inwestycji budowlanych. Inwestorzy posiadali kompletną i aktualną dokumentację inwestycji, w tym programy inwestycji, dokumentację projektową i pozwolenia na budowę, a wykonawców robót budowlanych wybierano zgodnie z przepisami o zamówieniach publicznych. Na realizację programów zapisano konkretne środki budżetowe do wykorzystania w poszczególnych latach, co z kolei narzucało pewien rygor inwestycyjny. Jednak z tym inwestorzy najczęściej sobie nie radzili.
Tylko na dwóch inwestycjach - na siedem skontrolowanych - nie stwierdzono istotnych uchybień, co pozwoliło pozytywnie ocenić ich przygotowanie i realizację (budowa Kampusu 600-lecia Odnowienia Uniwersytetu Jagiellońskiego oraz przebudowa i rozbudowa Uniwersyteckiego Szpitala Klinicznego Uniwersytetu Medycznego w Białymstoku). Na pozostałych skontrolowanych inwestycjach wykryto szereg mniejszych lub większych nieprawidłowości, które wpływały na terminowość prac, powodując opóźnienia w realizacji poszczególnych zadań inwestycyjnych i niepełne wykorzystanie środków finansowych.
Oprócz pozytywnie ocenionych przebudowy Uniwersyteckiego Szpitala Dziecięcego w Krakowie oraz przebudowy i rozbudowy Uniwersyteckiego Szpitala Klinicznego Uniwersytetu Medycznego w Białymstoku realizacja pozostałych pięciu skontrolowanych programów powinna zostać zakończona - zgodnie z pierwotnie planowanymi terminami - do końca 2014 r. Niestety programy były realizowane przewlekle, a daty ich zakończenia zmieniane. W przypadku trzech programów termin zakończenia zmieniano dwa razy. Najkrótsza realizacja programu to zaplanowany na cztery lata - Wieloletni Program Medyczny Rozbudowy i Przebudowy Szpitala Uniwersyteckiego w Bydgoszczy (8 lat od dnia rozpoczęcia przedsięwzięcia jako inwestycji wieloletniej). Najbardziej zapóźniona natomiast jest Budowa Kampusu 600-lecia Odnowienia Uniwersytetu Jagiellońskiego, która trwa już od 17 lat. NIK ocenia jednak tę inwestycję pozytywnie, ponieważ realizacja poszczególnych zadań odbywa się zgodnie z założeniami, a wydłużanie prac wynikało z rozszerzania inwestycji, a nie z opóźnień wykonania.
Zła organizacja inwestycji
NIK zauważa, że niewłaściwe zorganizowanie procesu inwestycyjnego, już na etapie przygotowania inwestycji, a także w trakcie ich realizacji, powodowało niepełne wykorzystywanie zapewnionych środków finansowych. Obiekty były nieterminowo przekazywane do użytkowania, co z kolei opóźniało ich wyposażenie i zagospodarowanie.