W ciągu dwóch tygodni biskupa złamano i upokorzono. W numerze z 4 marca na pierwszej stronie czytelnicy przeczytali – „Biskup Kowalski prosi Prezydenta RP o umorzenie śledztwa i zobowiązuje się do przestrzegania obowiązujących praw.

W dniu 26 lutego biskup Kowalski osadzony w areszcie domowym w związku z toczącym się przeciwko niemu dochodzeniem o naruszenie dekretu o ochronie wolności sumienia i wyznania, wystosował do Prezydenta RP następujące pismo:

Niniejszym odwołuję się do łaski Pana Prezydenta Rzeczypospolitej, by raczył spowodować umorzenie śledztwa wszczętego przeciwko mnie przez Prokuratora Sądu Apelacyjnego w Gdańsku z dnia 14 lutego 1950 r.

Od chwili objęcia urzędu biskupiego w Pelplinie zawsze byłem lojalny wobec ustroju Demokracji Ludowej Państwa Polskiego oraz wobec władz państwowych na terenie mojej diecezji. Czyny moje uskutecznione w ostatnim okresie w związku z akcją „Caritas" postawiły mnie w konflikcie z ustawodawstwem obowiązującym w Państwie Polskim.

Pragnę w chwili obecnej przez uzgodnienie z obowiązującym prawodawstwem czynów moich, które kolidowały dotychczas z tymże prawem, w dalszym postępowaniu swoim dać dowód poprawnego stosunku do rozporządzeń i władz państwowych. /.../"