Doszło, jeszcze za prezesury profesora Leona Kieresa, do poważnych nacisków jednego z wysokich funkcjonariuszy służb na członków Kolegium IPN, aby akta X Departamentu Ministerstwa Bezpieczeństwa Publicznego nie zostały odtajnione i udostępnione historykom. Powodem miało być wykorzystywanie technik operacyjnych, które służby ciągle stosują - ta sytuacja miała miejsce w 2003 roku, czyli blisko 50 lat po zlikwidowaniu MBP.
Antoni Dudek opisał też bardzo poważny kryzys, jaki powstał przy okazji stworzenia publikacji tak zwanej "listy 500", na której - według nieoficjalnych informacji - znaleźli się byli współpracownicy SB, w tym prominentni działacze SLD.