Fundusz Kościelny został powołany w 1950 roku jako forma rekompensaty dla kościołów za przejęte przez Państwo nieruchomości ziemskie. Działa na rzecz kościołów i innych związków wyznaniowych, które mają w Polsce uregulowany status prawny.

Od 15 marca do 28 kwietnia wszystkie kościelne osoby prawne, do których należą m.in. parafie, diecezje, czy Caritas, mogą wnioskować do Ministerstwa Spraw Wewnętrznych i Administracji o przyznanie dotacji na określone cele związane z ich działalnością. Przyznane środki mogą przeznaczyć na konserwację i remonty zabytkowych obiektów sakralnych i kościelnych – np. remonty dachów, ścian i elewacji, czy prace związane z instalacjami wodnymi i elektrycznymi. Z Funduszu Kościelnego nie finansuje się jednak prac dotyczących otoczenia tych obiektów np. chodników i trawników.

Dotacje mogą być wykorzystane do wspomagania kościelnej działalności charytatywno-opiekuńczej, która obejmuje m.in. prowadzenie zakładów dla sierot, starców, samotnych matek, szpitali i zakładów leczniczych, a także żłobków i schronisk – dzięki funduszom będą możliwe np. remonty pomieszczeń, w których działają te instytucje. Pieniądze z Funduszu można także przekazać na pomoc ofiarom klęsk żywiołowych, epidemii i ofiarom wojennym, a także na krzewienie idei pomocy bliźnim. W ustawie budżetowej na 2017 r., na dotacje z Funduszu Kościelnego zabezpieczono kwotę 10 mln zł.

Wnioski o dotacje, które wpłyną do MSWiA, będą rozpatrywane przez specjalną komisję. Szczegółowe informacje dotyczące zasad postępowania podczas udzielenia dotacji na 2017 r., w tym także wzór wniosku, dostępne są w serwisie BIP MSWiA.

Środki Funduszu Kościelnego przeznaczane są również na finansowanie  składek na ubezpieczenia społeczne i zdrowotne duchownych. Stosownie bowiem do przepisów ustawy o świadczeniach opieki zdrowotnej finansowanych ze środków publicznych, składki na ubezpieczenie zdrowotne duchownych oraz alumnów wyższych seminariów duchownych i teologicznych, postulantów, nowicjuszy, juniorystów oraz ich odpowiedników, z wyłączeniem osób duchownych będących podatnikami podatku dochodowego od osób fizycznych lub zryczałtowanego podatku dochodowego od przychodów osób duchownych, są finansowane z Funduszu Kościelnego.