Lech Wałęsa po otrzymaniu informacji o możliwości likwidacji Instytutu, postanowił przebudować organizację. Do ogromnego długu mieli doprowadzić poprzedni prezesi Mieczysław Wachowski i Piotr Gulczewski. Drugi z wymienionych o złą sytuację finansową oskarżał Wachowskiego.

W tej sprawie rok temu audyt zlecił Jerzy Stępień. Jego wyniki trafiły do instytutu kilka tygodni temu. Z jego treści wynika, że obecny dług wynosi ponad milion złotych. Obecnie zaległości maleją, bo w pewnym momencie sięgały 1,7 miliona złotych.

Sytuacja finansowa zmusiła Lecha Wałęsę do wymiany kadr. Obecnie w instytucie zasiada zupełnie nowa rada nadzorcza. Na stronach Instytutu Lecha Wałęsy nie ma informacji o składzie zarządu. Jak informuje Gazeta.pl ze stanowiska prezesa zrezygnował Jerzy Stępień. Miała to być reakcja na gwałtowne zmiany w instytucie.

- Postawiłem sobie za cel zbadanie, jak wglądają finanse Instytutu. Razem z radą nadzorczą wykonaliśmy to zadanie. Kiedy byliśmy u końca tej pracy, to okazało się, że fundator bardzo istotnie zmienił skład rady nadzorczej. Pozostali członkowie rady poczuli się dotknięci sposobem zmiany i zachowaniem niektórych nowych członków rady, więc złożyli rezygnacje - powiedział Stępień.

Teraz instytutem mają zajmować się osoby z najbliższego kręgu rodzinno-przyjacielskiego.

Lech Wałęsa początkowo założył dwie instytucje - Fundusz Lecha Wałęsy oraz Instytut Lecha Wałęsy. Pierwsza fundacja została przejęta przez Mieczysława Wachowskiego. Zmienił on nazwę instytucji na Światowe Centrum Pokoju.