Wysokie koszty pociągów, niska frekwencja pasażerów, niewystarczające przychody i w konsekwencji wzrastający deficyt – województwo małopolskie tnie koszty połączeń kolejowych.
13 grudnia, kiedy wejdzie w życie zimowy rozkład jazdy 2015/2016, dojdzie do likwidacji przewozów kolejowych na trasie Oświęcim–Brzeszcze–Czechowice-Dziedzice, które na zlecenie zarządu województwa małopolskiego obsługiwały do tej pory Koleje Śląskie. Chodzi o linię S31, której trasa biegnie od Katowic przez Mysłowice, Oświęcim, Brzeszcze aż do Czechowic-Dziedzic. Linia ma ok. 54 km i jest dość popularna w małych miejscowościach – pasażerowie jeżdżą nią do pracy i szkoły.
Ograniczenia obejmą też linie Kielce–Katowice, Kraków–Nowy Sącz/Krynica oraz Kraków–Kielce.
Najważniejsze zmiany w przyszłym rozkładzie jazdy to zwiększenie połączeń kolejowych Szybkiej Kolei Aglomeracyjnej i przywrócenie zawieszonej linii kolejowej nr 94 Kraków–Oświęcim.
Koleje Śląskie są zdziwione decyzją małopolskiego urzędu marszałkowskiego, który niespodziewanie zrezygnował z połączenia kolejowego na linii S31.