Na czele EBOR stoi Rada Gubernatorów, do której każdy z 66 członków nominuje swojego przedstawiciela. Polskę reprezentuje prezes NBP Marek Belka. Aktualnie pełni on również rolę przewodniczącego Rady Gubernatorów. Większość decyzji dotyczących bieżącego funkcjonowania EBOR, w tym udzielania wsparcia finansowego, podejmuje Rada Dyrektorów licząca 23 członków, nominowanych przez Radę Gubernatorów na okres trzech lat. Od 2011 r. przedstawicielem Polski w Radzie Dyrektorów EBOR jest Zbigniew Hockuba, który wcześniej był członkiem zarządu NBP. Polska wraz z Bułgarią ?i Albanią tworzy wspólna grupę członkowską w Radzie Dyrektorów (tzw. konstytuantę). W ramach tej grupy Polska ?i Bułgaria rotacyjnie desygnują dyrektorów i zastępców dyrektora.