Według firmy, choć FaceID to przyszłość zabezpieczeń biometrycznych w systemie iOS, nowa funkcjonalność nie radzi sobie zbyt dobrze z rozpoznawaniem twarzy młodszych dzieci. Jak twierdzi Apple, może to mieć miejsce ze względu na fakt, że "ich wyróżniające cechy fizjonomiczne jeszcze nie rozwinęły się całkowicie".

Błędne wyniki rozpoznawania twarzy zachodzą również w przypadku użytkowników, którzy mają rodzeństwo bliźniacze. W tych sytuacjach firma rekomenduje wyłączenie funkcji FaceID i korzystanie z zabezpieczenia za pomocą hasła alfanumerycznego.

Dla zdecydowanej większości użytkowników zdecydowanie większe ryzyko niosą jednak ze sobą zamierzone ataki cyberprzestępców. Poprzednie rozwiązanie biometryczne od Apple, TouchID posługujące się rozpoznawaniem linii papilarnych użytkownika w procesie uwierzytelnienia dostępu do systemu, zostało złamane dwa dni po udostępnieniu pierwszego wyposażonego w nie modelu telefonu - iPhone 5s, za pomocą fałszywego odcisku palca naniesionego na opuszkę innej osoby.

Razem z FaceID Apple udostępniło drugorzędny system zabezpieczeń, który w procesie uwierzytelniania i odmowy dostępu wykorzystuje uczenie maszynowe. Ma on zapobiegać próbom odblokowania urządzenia za pomocą masek, zdjęć czy modeli. Koncern zapewnia, że zabezpieczenie zadziała nawet w przypadku perfekcyjnie wykonanej imitacji ludzkiej twarzy.

Czynnikiem, z którym FaceID jednak do tej pory sobie nie poradziło, są części garderoby takie jak kapelusze, szale bądź chusty, które mogą okalać twarz użytkownika próbującego uzyskać dostęp do swojego telefonu. Problemem jest tutaj transparencja materiału dla światła podczerwonego - jeśli promieniowanie nie może przeniknąć przez materiał, nie może zmapować jego powierzchni. Wówczas proces uwierzytelnienia nie powiedzie się. Dlatego Apple zaleca użytkownikom zakrywającym twarz bądź jej części rezygnację z FaceID i korzystanie z systemu haseł alfanumerycznych.

W swoim dokumencie dotyczącym bezpieczeństwa Apple potwierdziło również, że system zabezpieczeń biometrycznych powiązany z rozpoznawaniem twarzy nie zostanie udostępniony programistom, by mogli budować z jego wykorzystaniem funkcjonalności nowych aplikacji na system iOS.