Odnosząc się do problematyki funkcjonowania warsztatów szkolnych w formie gospodarstw pomocniczych należy zauważyć, że [link=http://www.rp.pl/aktyprawne/akty/akt.spr?id=325303]ustawa systemowa o finansach publicznych z 27 sierpnia 2009 r. (Dz.U. Nr 157, poz. 1240)[/link] nie przewiduje dalszego funkcjonowania wszystkich państwowych i samorządowych gospodarstw pomocniczych jednostek budżetowych. Jednocześnie [link=http://www.rp.pl/aktyprawne/akty/akt.spr?id=325301]ustawa z 27 sierpnia 2009 r. - Przepisy wprowadzające ustawę o finansach publicznych (Dz.U. Nr 157, poz. 1241)[/link] ustanawia okres przejściowy - jednego roku - na przystosowanie całego sektora do rozwiązań zawartych w nowych regulacjach, co oznacza, że proces reorganizacji zostanie zakończony z końcem 2010 r.
Wprowadzone na mocy ustawy z 27 sierpnia 2009 r. o finansach publicznych zmiany w zakresie systemu jednostek sektora finansów publicznych miały min. na celu nie likwidację tego rodzaju działalności, ale przekształcenie dotychczasowych warsztatów szkolnych działających jako gospodarstwa pomocnicze w jednostki budżetowe prowadzące taką samą działalność oświatową pod względem merytorycznym. W tym przypadku należy zastosować § 66 [link=http://www.rp.pl/aktyprawne/akty/akt.spr?id=182188]rozporządzenia ministra finansów z 29 czerwca 2006 r. w sprawie gospodarki finansowej jednostek budżetowych, zakładów budżetowych i gospodarstw pomocniczych oraz trybu postępowania przy przekształcaniu w inną formę organizacyjno - prawną (Dz.U. Nr 116, poz. 783, z późn. zm.)[/link].
Z rozporządzenia tego wynika, że likwidacja gospodarstwa pomocniczego w celu jego przekształcenia w inna formę polega wyłącznie na zamknięciu rachunku bankowego oraz ustalenia i przejęciu przez jednostkę budżetową należności, zobowiązań i środków pieniężnych pozostałych na rachunku bankowym. Likwidacja gospodarstwa pomocniczego w celu jego przekształcenia w jednostkę budżetową nie oznacza zakończenia jego działalności w rozumieniu ustawy o systemie oświaty, ponieważ nie dochodzi do zakończenia działalności szkoły lub placówki. Likwidacji ulega tylko dotychczasowa forma gospodarki finansowej.
Należy podkreślić, że zgodnie z [link=http://www.rp.pl/aktyprawne/akty/akt.spr?id=161808]rozporządzeniem ministra edukacji narodowej z 21 maja 2001 r. w sprawie ramowych statutów publicznego przedszkola oraz publicznych szkół (Dz.U. Nr 61, poz. 624 z późn. zm.)[/link] statut szkoły publicznej prowadzącej kształcenie zawodowe określa organizację warsztatów szkolnych dla realizacji zajęć praktycznych, jeżeli szkoła takie warsztaty posiada. Zatem warsztaty szkolne są integralną częścią szkoły.
Jednostki samorządu terytorialnego, jako organy prowadzące szkoły i placówki publiczne, otrzymują z budżetu państwa część oświatową subwencji ogólnej przeznaczoną na finansowanie zadań szkolnych, w tym również na funkcjonowanie warsztatów szkolnych.