Mimo że taka ekshumacja ma charakter formalny i została przeprowadzona za zgodą Kongregacji ds. Kanonizacyjnych, nie obyło się bez protestów i oskarżeń o świętokradztwo.
Sarkofag otwarto o pierwszej w nocy. W ekshumacji brali udział arcybiskup Domenico D’Ambrosio, rodzina świętego i osoby, których cudowne uleczenie za sprawą modlitw do Ojca Pio było podstawą uznania franciszkanina za świętego. Chodziło o uniknięcie protestów najgorętszych zwolenników kultu świętego męża zgromadzonych w organizacji Pro Padre Pio, którzy obawiają się, że zwłoki mogą być przeniesione do nowego, większego sanktuarium. Lokalna hierarchia zapewnia jednak, że tak się nie stanie.
Od śmierci Ojca Pio przez 40 lat sarkofag nie był otwierany. Nie pobrano też żadnych relikwii, na które czekają setki, jeśli nie tysiące parafii. We Włoszech Ojciec Pio ma blisko tysiąc pomników, radio i telewizję swego imienia, a jego zdjęcia zdobią taksówki, warsztaty, biura, bary i restauracje.
24 kwietnia w szklanej trumnie zwłoki zostaną wystawione na widok publiczny. Są nadzieje, że na uroczystości pojawi się Benedykt XVI. Jak wynika z wypowiedzi arcybiskupa D’Ambrosio, zwłoki zachowały się znakomicie, a poznokcie zakonnika wyglądają, „jakby właśnie przeszedł manicure”. Według potocznej wiary stan zwłok świętego ma świadczyć o jego świętości.
Ojciec Pio jest wciąż przedmiotem wielu kontrowersji. W październiku ukazała się książka historyka Sergia Luzzatta, który przytoczył watykańskie dokumenty wskazujące na podejrzaną proweniencję jego stygmatów.
