Platforma ePUAP umożliwia dokonywanie urzędowych płatności. Służy temu udostępniony na niej system PayByNet. Aby zaczął on jednak w pełni funkcjonować, konieczne było, by banki zintegrowały z tym systemem swoje usługi.
Takich instytucji jest już kilka. Pekao SA, Invest-Bank, Millennium, Citi Handlowy, Alior Bank czy Nordea już to zrobiły. Ich klienci, którzy posiadają jednocześnie konto na ePUAP, mogą w szybki i bezpieczny sposób uiszczać opłaty urzędowe: skarbową, miejscową czy administracyjną. Płatności, których dokonano tą drogą, trafiają bezpośrednio do wskazanego urzędu.
Udostępniony na ePUAP system PayByNet ułatwia użytkownikowi dokonywanie transakcji m.in. poprzez automatyczne wypełnienie tytułu przelewu. Generuje ponadto potwierdzenia wykonanej płatności w formie Elektronicznego Poświadczenia Opłaty (EPO).