Kwoty kierowane na odrębny krajowy program operacyjny (de facto makroregionalny) dla pięciu wschodnich województw (lubelskie, podlaskie, podkarpackie, świętokrzyskie i warmińsko-mazurskie) w latach 2007–2013 i 2014–2020 są wprawdzie zbliżone (2,3 mld euro z UE w bieżącym okresie i 2 mld euro w przyszłym), ale inwestycje, na które trafią te środki i ich odbiorcy, znacznie się różnią. Jedną z głównych różnic pomiędzy obecnym i nowym programem będzie to, że o ile z bieżącego korzystają przede wszystkim uczelnie wyższe i samorządy, o tyle z nowego skorzystają głównie przedsiębiorcy.
Firmom poświęcono dwie części nowego programu. Na pierwszą, z której wspierane będą projekty badawczo-rozwojowe i wdrożeniowe, przeznaczono 485 mln euro. Na drugą, z której finansowane będą przedsięwzięcia mające na celu powstawanie nowych firm oraz umiędzynarodowienie już istniejących oraz wspieranie klastrów (powiązań kooperacyjnych firm), przeznaczono 344 mln euro.
Jak zapowiada Iwona Wendel, wiceminister rozwoju regionalnego, o te pieniądze przedsiębiorcy zarówno duzi, jak i ci z sektora MŚP będą ubiegać się w konkursach (pierwsze mają odbyć się na przełomie 2014/2015). O dotacje firmy będą starać się w formie konsorcjów, w których będą skupiać się przedsiębiorstwa zarówno duże, jak i małe oraz średnie.
– Środki będą szły za przedsiębiorcą. Chcemy, aby firmy realizowały badania i prace rozwojowe prowadzące do komercjalizacji rynkowej tworzonych produktów – tłumaczy Wendel. Dodaje też, że duży nacisk w programie zostanie położony na umiędzynarodowienie działalności firm ze wschodnich województw. Dlatego w tym celu ma być kontynuowany program promocji gospodarczej makroregionu, w którym znajdzie się nowy element w postaci pomocy prawnej i formalnej przy starcie firm na rynkach zagranicznych.
Ze względu na fakt, że nowy program będzie w dużej części dedykowany firmom, zmieni się znacząco sposób podziału pieniędzy. Będą one dzielone głównie w drodze konkursów, a nie poprzez wybór tzw. indywidualnych projektów kluczowych, jak to ma miejsce teraz, w okresie 2007–2013.