John Dalli ustąpił ze stanowiska ze skutkiem natychmiastowym po tym, jak OLAF, czyli europejski urząd do zwalczania nadużyć finansowych, wykrył aferę korupcyjną związaną z rynkiem tytoniowym. Na znajomość z unijnym komisarzem powoływał się jeden z maltańskich przedsiębiorców, próbując wyłudzić pieniądze od Swedish Match, szwedzkiej firmy tytoniowej w zamian za rzekomy wpływ na przyszłe unijne przepisy dotyczące tytoniu do żucia. Chodzi o unijny zakaz eksportu substancji snus, czyli wilgotnego, sproszkowanego tytoniu, przypominającego tabakę, ale zażywanego doustnie. Obrót snusem jest zakazany w całej UE, prócz Szwecji i Danii.
Komisja Europejska zleciła OLAF natychmiastowe dochodzenie. Biuro wszczęło postępowanie po złożonej w maju br. skardze szwedzkiej firmy.
Do zapłacenia łapówki maltańskiemu biznesmenowi przez firmę tytoniową nie doszło. OLAF nie dowiódł też, że pochodzący z Malty komisarz miał bezpośredni udział w aferze. Jednak zdaniem europejskich śledczych, John Dalli o sprawie wiedział. KE podaje w komunikacie, że raport OLAF „wykazał niezbicie, że sprawa będąca przedmiotem śledztwa nie wpłynęła ani na procesy legislacyjne, ani na stanowisko Komisji dotyczące spraw, które miały być przedmiotem korupcyjnych zabiegów.
John Dalli kategorycznie odrzuca stawiane zarzuty. Jednak złożył rezygnację, by – jak mówi komunikat KE – bronić swojej reputacji i reputacji Komisji. Ostateczna wersja raportu OLAF wraz z rekomendacjami trafi do prokuratora generalnego Malty. Dziś zaś w Brukseli dyrektor generalny OLAF Giovanni Kessler ma udzielić wyjaśnień w sprawie prowadzonego dochodzenia. Obowiązki Johna Dallego do chwili powołania nowego komisarza pochodzącego z Malty przejmie wiceprzewodniczący Komisji Europejskiej, komisarz ds. stosunków międzyinstytucjonalnych i administracji Marosz Szefczovicz.