Projekt ten zmieniał w sposób niekorzystny m.in. zasady zatrudniania aplikantów w zakresie stażu na stanowisku referendarza sądowego, przy czym miał dotyczyć także aplikantów już obecnie się uczących, którzy podejmując decyzję o podjęciu nauki w krakowskiej szkole nie byli przygotowani na tego rodzaju sytuację.
W związku z tym Zespół Ustrojowy Stowarzyszenia Sędziów Polskich „Iustitia" wydał opinię, w której zaproponował przepis przejściowy, umożliwiający aktualnie uczącym się aplikantom stosowanie korzystniejszych zasad dotychczasowych.
W dniu 3.07.2014 r. Senat przyjął poprawkę do ustawy, w istocie uwzględniającą zarówno stanowisko aplikantów, jak i opinię "Iustitii". Co prawda sejmowa Komisja Sprawiedliwości rekomendowała odrzucenie tej poprawki, jednakże Sejm na posiedzeniu plenarnym w dniu 11 lipca 2014 r. poprawkę przyjął.
W rezultacie został uchwalony przepis przejściowy, uwzględniający postulat „Iustitii", zgodnie z którym wobec aplikantów, którzy rozpoczęli szkolenie na aplikacji sędziowskiej przed dniem wejścia w życie nowelizacji ustawy, stosuje się przepisy dotychczasowe.