Polskie instytucje uczestniczą także w postępowaniach wyjaśniających w ramach Wspólnej Polityki Rolnej przed KE, w wyniku których obniżono kwotę wstępnie proponowanych przez Komisję wyłączeń z finansowania UE. W efekcie działań Ministra Rolnictwa i Rozwoju Wsi oraz agencji płatniczych w latach 2004-2015 (I połowa) ograniczono sankcje finansowe o blisko 15 procent.
NIK skontrolowała organizację i działanie systemu zarządzania nieprawidłowościami w zakresie europejskich funduszy rolnych (Europejski Fundusz Rolniczy Gwarancji oraz Europejski Fundusz Rolny na rzecz Rozwoju Obszarów Wiejskich) w obszarach: informowania Komisji Europejskiej o nieprawidłowościach w wydatkowaniu środków z tych funduszy oraz obsługi postępowań wyjaśniających przed KE w tych sprawach. W ocenie NIK system funkcjonował sprawnie, a realizacja zadań w skontrolowanych obszarach była zgodna z przepisami unijnymi oraz z zasadą należytego zarządzania finansami. System informowania Komisji Europejskiej o nieprawidłowościach w wydatkowaniu środków z europejskich funduszy rolnych