Wątpliwości w sprawie miały związek z tzw. centralizacją VAT w samorządach. We wniosku o interpretację zarząd infrastruktury komunalnej i transportu wskazał, że jest jednostką budżetową gminy. Obecnie jest traktowany jako odrębny od gminy podatnik VAT. Zarząd tłumaczył, że on i miasto zamierzają utrzymać odrębność podatkową najprawdopodobniej do 1 stycznia 2017 r. To znaczy do daty, od której – zgodnie z komunikatem Ministerstwa Finansów z 15 stycznia 2016 r. oraz projektem tzw. ustawy o centralizacji – utraci status podatnika VAT.
Wątpliwości podatnika miały związek z obowiązującym od 1 stycznia 2016 r. art. 86 ust. 2a ustawy o VAT. Chodziło o to, czy regulacja ta ma wpływ na zakres jego prawa do odliczenia podatku naliczonego wynikającego z wydatków alokowanych wyłącznie i w całości do jego działalności w zakresie transportu publicznego. Zakład tłumaczył, że poza usługami transportu publicznego świadczonymi za odpłatnością, świadczy również usługi nieodpłatne na rzecz określonych grup pasażerów. Jego wątpliwości sprowadzały się do tego, czy od 1 stycznia 2016 r. jest zobligowany do odliczania podatku naliczonego wynikającego z nabycia towarów i usług związanych bezpośrednio, w całości i wyłącznie z transportem zbiorowym, zgodnie ze sposobem określenia proporcji, w rozumieniu art. 86 ust. 2a ustawy o VAT. Zwłaszcza, że w działalności świadczy też usługi nieodpłatnie na rzecz uprzywilejowanych grup pasażerów wskazanych w aktach prawnych rangi ustawowej oraz prawa miejscowego.
Wykładnia fiskusa okazała się być nie po myśli podatnika. Organ stwierdził bowiem, że od 1 stycznia 2016 r. zarząd jest zobligowany do odliczania podatku naliczonego wynikającego z nabycia towarów i usług związanych bezpośrednio, w całości i wyłącznie z transportem zbiorowym, zgodnie ze sposobem określenia proporcji w rozumieniu art. 86 ust. 2a ustawy o VAT. Urzędnicy wskazali jednak, że obowiązek ten nie jest spowodowany świadczeniem przez nią usług nieodpłatnych na rzecz uprzywilejowanych grup pasażerów, lecz wykonywaniem zadań z zakresu działania organu władzy publicznej.
Fiskus wskazał dalej na rozporządzenie ministra finansów z 17 grudnia 2015 r. w sprawie sposobu określania zakresu wykorzystywania nabywanych towarów i usług do celów działalności gospodarczej w przypadku niektórych podatników. Wymieniono w nim m.in. samorządową jednostkę budżetową i najbardziej odpowiadającą jej specyfice metodę określania proporcji, uwzględniającą charakter prowadzonej przez nią działalności gospodarczej oraz statutowej. W ocenie urzędników, na podstawie przepisów rozporządzenia strona ma możliwość precyzyjnego ustalenia danych niezbędnych do wyliczenia właściwej proporcji.
WSA w Krakowie nie potwierdził takiej wykładni przepisów. Nie zgodził się przede wszystkim, że opłaty publicznoprawne za korzystanie z przystanków przez przewoźników uniemożliwiają pełne odliczenie podatku i powodują konieczność zastosowania art. 86 ust. 2a ustawy o VAT. Odwołał się w tym zakresie do orzecznictwa NSA dotyczącego poboru opłaty targowej na zlokalizowanych i urządzonych targowiskach gminnych. Wynika z niego, że gdy przy okazji wykonywanej przez gminę działalności gospodarczej pobiera ona należności o charakterze publicznoprawnym, to nie jest zobowiązana do stosowania tzw. prewspółczynnika. W ocenie WSA analogiczna sytuacja zachodzi w spornej sprawie. Wybudowane przez skarżącą przystanki są w całości wykorzystywane przez nią do prowadzenia działalności gospodarczej. Nie służą do poboru opłat od przewoźników za zatrzymywanie się na tych przystankach, lecz do wykonywania czynności związanych z transportem zbiorowym, czyli wykonywaniem czynności opodatkowanych. Pobór opłat nie następuje w związku ze świadczeniem usług przez skarżącą, lecz w związku z korzystaniem przez przewoźników z przystanków. Obowiązek zapłaty opłaty przez przewoźników nie jest zależny od świadczenia wzajemnego.
