Tym razem bohater trafia do jeszcze bardziej niebezpiecznych rejonów Zony (zamkniętej i doskonale strzeżonej strefy skażonej radioaktywną eksplozją). Występują tu liczne anomalie i przerażające zjawiska. To jednak nie jest przeszkoda dla Stalkerów – śmiałków poszukujących artefaktów, czyli dziwnych przedmiotów i skarbów, które chętnie kupują przeróżne organizacje. I właśnie w jednego z takich Stalkerów wciela się gracz, który przemierza niebezpieczną strefę. S.T.A.L.K.E.R. to przede wszystkim emocjonująca, nieliniowa fabuła, a także niesamowicie mroczna atmosfera, z której wynurzają się cienie Czarnobyla...