Decyzję o podniesieniu rangi krakowskiej akademii podjął Benedykt XVI, a stosowny dekret podpisał prefekt Kongregacji Edukacji Katolickiej kard. Zenon Grocholewski.
Decyzja Watykanu ma znaczenie prestiżowe. — PAT wzbogaciła się o nowe wydziały i miała już w istocie charakter uniwersytetu - mówi były rektor PAT bp Tadeusz Pieronek. — Z długą tradycją, sięgającą 1397 roku wyglądała jednak jak sierotka przy młodych uczelniach krakowskich, które zmieniły nazwy na uniwersytety, jak pedagogiczny.
Zdaniem bp. Pieronka podniesienie rangi uczelni będzie też zachętą do podnoszenia poziomu nauczania.
Nazwa uniwersytetu jest też formą uhonorowania Jana Pawła II. Uniwersytet, jak uprzednio PAT, podlega władzy watykańskiej Kongregacji Edukacji Katolickiej.