Zmiana struktury szkół pociąga za sobą zmianę podstawy programowej. Jest uregulowana w rozporządzeniu ministra edukacji. Określa, co uczeń powinien umieć z danego przedmiotu na danym etapie edukacji. Nauczyciel ma obowiązek omówienia w pracy z uczniami wszystkich treści zawartych w podstawie, a programy nauczania i podręczniki muszą być z nią zgodne.
Wyjątek dla religii
Od rozpoczynającego się roku szkolnego nowa podstawa programowa kształcenia ogólnego będzie obowiązywała w klasach I, IV, VII szkoły podstawowej i w I klasie branżowej szkoły pierwszego stopnia. Pozostali uczniowie realizują dotychczasową podstawę programową. Wyjątkiem jest religia. Episkopat miał więcej czasu na rzetelne przygotowanie podstaw programowych. Programy nauczania religii do siódmej klasy szkoły podstawowej w najbliższych latach nie będą więc się różnić od tych znanych z pierwszej klasy gimnazjum.
Do czasu przyjęcia przez polskich biskupów nowej podstawy dla lekcji religii podręczniki w zreformowanej szkole mogą się różnić od poprzednich jedynie okładką.
Eksperci i rodzice krytykują, że zmiana podstaw programowych obejmie dzieci z klas IV–VI, a więc nastąpi w środku cyklu edukacyjnego. Do tej pory uczniowie ci uczyli się według zupełnie innego programu, dostosowanego do sześcioklasowej szkoły podstawowej. Ale podstaw przejściowych dla nich nie przygotowano.
Po reformie nauczanie wczesnoszkolne, tak jak wcześniej, obejmie uczniów klas I–III. Od czwartej klasy rozpocznie się nauczanie przedmiotowe, a w siódmej do zajęć obowiązkowych zostanie włączony drugi język obcy nowożytny.
