Był jedynym ministrem, który dwukrotnie kierował polską dyplomacją. Pierwszy raz do rządu trafił wiosną 1995 r. z nadania Lecha Wałęsy, który wskazał go na szefa MSZ w rządzie Józefa Oleksego.

Bartoszewski miał w sobie tę lojalność — a niektórzy twierdzą, że porywczość — że gdy Wałęsa oddawał prezydenturę pod koniec 1995 r., Bartoszewski zrezygnował z fotela szefa MSZ.

Wrócił po 5 latach, gdy rozpadła się koalicja AWS-Unia Wolności i premier Jerzy Buzek musiał na gwałt szukać ministrów do resortów osieroconych przez unitów. Bartoszewski był jednym z nielicznych kandydatów, który mógł zastąpić Bronisława Geremka z UW, który postawił wysoko poprzeczkę — za swej kadencji doprowadził m.in. do przystąpienia Polski do NATO. Wraz z Bartoszewskim do rządu wszedł wówczas także Lech Kaczyński — i od stanowiska ministra sprawiedliwości rozpoczął swój marsz po prezydenturę.

Z Kaczyńskim poróżnili się za kolejne 5 lat, kiedy PiS przejął władzę, a Kaczyński zajął Pałac Prezydencki. Ówczesny wiceszef MON Antoni Macierewicz oświadczył wówczas, że większość spośród dawnych szefów MSZ była w przeszłości agentami sowieckich służb specjalnych. Bartoszewskiego, więźnia komunistycznych kazamatów, te słowa zabolały szczególnie. I choć Macierewicz zasugerował, że akurat jego te zarzuty nie dotyczą — to wybuchła prawdziwa wojna. Bartoszewski odszedł z prezydenckiej kapituły Orderu Orła Białego, najwyższego polskiego odznaczania. I zaczął atakować PiS — a słynął z ciętego języka. Polityków PiS zajmujących się polityką zagraniczną nazywał „dyplomatołkami", a była to jedna z jego łagodniejszych wypowiedzi.

Przez ostatnie lata o nikim Bartoszewski nie mówił tak ostro, jak o braciach Kaczyńskich i PiS. Pamiętam pewien czerwcowy wieczór, a właściwie noc, w 2010 r. Obudził mnie telefon. Dzwonił On — był już wówczas związany z Platformą, zajmował fotel ministra w Kancelarii Premiera Donalda Tuska. Usłyszał moją wypowiedź w radiu, krytykującą polskie władze — w tym Jego — za reakcję na katastrofę w Smoleńsku. Był na mnie wściekły. Uważał, że w rachunku krzywd pomijam ataki, które na niego przez lata przypuszczał PiS. — Ja Kaczyńskich wychowałem na swoich kolanach. Znałem dobrze ich rodzinę, zwłaszcza ojca. Oni doskonale wiedzieli, że nie byłem żadnym agentem! Jak mogli nie zareagować na idiotyzmy Macierewicza!!! — oburzał się, wypominając praprzyczynę konfliktu.