Urodzony w 1938 roku w Korkożyszkach pod Wilnem Malanowicz skończył łódzką Filmówkę w 1963 roku.
Jeszcze przed jej ukończeniem zagrał w głośnym filmie Romana Polańskiego, z Leonem Niemczykiem i Jolantą Umecką. Film zdobył nagrodę FIPRESCI na festiwalu filmowym w Wenecji i nominację do Oskara w kategorii najlepszy film nieanglojęzyczny.
Później Zygmunt Malanowicz zagrał w takich obrazach jak "Polowanie na muchy" i "Krajobraz po bitwie" Andrzeja Wajdy, "Hubalu" Bohdana Poręby.
Grał również w serialach, m.in. w "Domu" Jana Łomnickiego.
Od roku 2000 odnosił sukcesy w warszawskim Teatrze Dramatycznym, potem w Teatrze Rozmaitości. W 2008 roku dołączył do zespołu Nowego Teatru, pod kierownictwem Krzysztofa Warlikowskiego.
O śmierci aktora poinformował jego teatralny kolega, Jacek Poniedziałek.
"Zygmunt Malanowicz, Zyga, nasz brat, przyjaciel, ostoja, mistrz, powiernik, dobry, dowcipny, jedyny, niepowtarzalny. Aktor w Nowym Teatrze. Odys, który nie dotarł do naszej Itaki. Żegnaj, Zyga, bez Ciebie będzie pusto, smutno i źle. Ale dopłyniemy do brzegu w ciepłą, ambrozyjską noc. Śpij i śnij lepszy świat! R.I.P." - napisał Poniedziałek.