Gromadzenie materiału dowodowego nie może polegać na zbieraniu wszelkich informacji dotyczących zjawisk i zdarzeń, skoro organy podatkowe powinny działać w sprawie nie tylko wnikliwie, ale również szybko.

W przypadku stwierdzenia nieprawidłowości w projekcie realizowanym ze środków unijnych przyznaną wcześniej kwotę dofinansowania należy zwrócić wraz z odsetkami jak dla zaległości podatkowych. Naliczanie odsetek od zwracanych środków ma jednak swoje granice, a w interesie każdego beneficjenta jest wiedzieć, gdzie te granice przebiegają.

Postępowanie budzące zaufanie powinno równo traktować interesy podatnika oraz Skarbu Państwa. Zasada ta nie może prowadzić do wydawania decyzji oczekiwanych przez podatnika, choć sprzecznych z prawem.

Ustalenie czy dany wytwór pracy tj. oprogramowanie lub jego część, spełnia definicję autorskiego prawa komputerowego ma zasadnicze znaczenie dla prawa do zastosowania 5 proc. stawki dla dochodu z kwalifikowanych praw własności intelektualnej.

Zwrot pomocy publicznej następuje tylko w razie zaistnienia jednej z przesłanek określonych w zamkniętym katalogu. Nie powinno się utożsamiać tej instytucji z innymi sytuacjami skutkującymi obowiązkiem zwrotu nienależnej ulgi podatkowej.