Bachański został dyscyplinarnie zwolniony z pracy w CZD w październiku 2015 roku.
Instytut argumentował, że dr Bachański nie dopełnił procedury wymaganej przy stosowaniu marihuany, która w Polsce wciąż pozostaje eksperymentalną metodą leczenia. Bachański stosował marihuanę w leczeniu dzieci z lekooporną padaczką.
CZD złożyło zawiadomienie o możliwości popełnienia przez Bachańskiego przestępstwa, polegającego na narażeniu pacjentów na utratę życia lub ciężki uszczerbek na zdrowiu oraz możliwości przestępstwa przez prowadzenie tego badania klinicznego bez uzyskania świadomej zgody przedstawicieli prawnych uczestników badania. W tej sprawie zostało wszczęte śledztwo.
Bachański od decyzji CZD o dyscyplinarnym zwolnieniu odwołał się do sądu pracy.
W styczniu 2016 roku Bachański został uniewinniony przez Okręgowego Rzecznika Odpowiedzialności Zawodowej.
W lipcu tego roku śledztwo przeciwko Bachańskiemu zostało umorzone, a CZD zostało zobowiązane do przywrócenia go do pracy i wypłacenia trzech pensji. CZD odwołało się od tej decyzji.
Dziś Sąd Okręgowy w Warszawie ostatecznie oddalił apelację Centrum Zdrowia Dziecka. Dr Marek Bachański już oficjalnie może wrócić do pracy w Instytucie.
