Przebudowa dworca zakłada uporządkowanie układu przestrzennego budynków bez zmiany ich kubatury, wysokości, szerokości, długości i liczby kondygnacji.
Dworzec Warszawa Wschodnia, ze względu na bliskość Stadionu Narodowego, ma podczas Euro 2012 przyjmować najwięcej kibiców. Do tego czasu ma przejść gruntowną przebudowę. Wartość inwestycji wyniesie ok. 45 mln zł. Koszty podzielą między siebie budżet państwa i PKP SA. Na miejscu dzisiejszego dworca powstanie zupełnie nowy budynek.
Kolejarze w ramach przebudowy dworca chcą m.in. wymienić instalację wodno-kanalizacyjną, elektryczną, wentylacyjną, megafonową i zegarową oraz informacji dla podróżnych. Dworzec zyska nowe wnętrze, nowe ciągi komunikacyjne, odnowione perony.
Dworzec zostanie w pełni przystosowany do obsługi osób niepełnosprawnych. Uporządkowany zostanie także teren wokół obiektu - planowana jest wymiana oświetlenia, ustawienie ławek i nasadzenie zieleni.