W projekcie nowych przepisów wzmocniona ostała niezależność zarządcy infrastruktury kolejowej (jest nim np. spółka PKP Polskie Linie Kolejowe). Ograniczono więc możliwość wywierania wpływu na zarządcę infrastruktury przez przewoźników kolejowych lub podmioty sprawujące nad nimi kontrole. Wprowadzono także zakaz łączenia określonych funkcjo lub zajmowania stanowisk jednocześnie u zarządcy infrastruktury i przewoźnika.
Dla zwiększenia przejrzystości rozliczeń finansowych zakazane zostało udzielanie wzajemnych pożyczek między zarządcą a przewoźnikiem. Poprawiono także efektywność udostępniania infrastruktury kolejowej: ma temu służyć m.in. możliwość prowadzenia negocjacji dotyczących opłat za dostęp do torów.