Kontrola pięciu przewoźników kolejowych i 16 przewoźników autobusowych wykazała, że większość z nich spełniała wymogi uprawniające do uzyskania dopłat, czyli m.in. posiadała ważne licencje i zezwolenia na wykonywanie przewozów.
NIK stwierdziła uchybienia tylko u jednego przewoźnika autobusowego, który na jednej z obsługiwanych linii nie posiadał przez kilka miesięcy odpowiedniego zezwolenia i w związku z tym nienależnie pobrał dopłaty w łącznej kwocie 14,3 tys. zł. Marszałkowi Województwa Dolnośląskiego, który przyznał przewoźnikowi tę kwotę, Izba poleciła odzyskanie nienależnie przekazanych środków.
Kontrola przewoźników autobusowych wykazała również nieprawidłowe stosowanie przez jednego z nich kasy fiskalnej, niepozwalające na rejestrację dwóch spośród ośmiu ustawowych ulg. W ocenie NIK, stwarzało to ryzyko nieprawidłowego ewidencjonowania części sprzedaży biletów. W przypadku czterech przewoźników stwierdzono zaniedbywanie przez nich obowiązku informowania pasażerów o cenach biletów, przysługujących ulgach oraz rozkładach jazdy.
W okresie objętym kontrolą badane urzędy marszałkowskie przekazały przewoźnikom autobusowym środki w łącznej wysokości 436 mln zł. NIK zwróciła szczególną uwagę na niewielką liczbę kontroli przeprowadzanych przez dwa z czterech zbadanych urzędów marszałkowskich. W latach 2013-2014 Kujawsko-Pomorski Urząd Marszałkowski skontrolował tylko czterech spośród 36 przewoźników autobusowych, a Wielkopolski Urząd Marszałkowski - żadnego z 88 przewoźników, pozostawiając tym samym prawidłowość wykorzystania większości przekazanych środków bez należytej, bezpośredniej weryfikacji.
Kontrola NIK wykazała ponadto przypadki niedotrzymywania określonych w umowach z przewoźnikami terminów przekazywania dopłat (przez Dolnośląski i Wielkopolski Urząd Marszałkowski) oraz dopuszczania przez Dolnośląski Urząd Marszałkowski do nieterminowego składania wniosków przez przewoźników, co prowadziło do występowania okresów bezumownych, wynoszących od 24 do 35 dni, za które - pomimo braku umów - przewoźnicy otrzymywali dopłaty. Izba zwróciła również uwagę na zróżnicowane podejście urzędów marszałkowskich do ujmowania wydatków z tytułu dopłat do ulgowych biletów w ewidencji księgowej i w sprawozdawczości budżetowej, wskazując na potrzebę podjęcia przez Ministra Finansów działań mających na celu doprowadzenie do jednolitego ujmowania tego rodzaju wydatków.
