Na to stanowisko został powołany 25 marca 2004 r. na wniosek ówczesnego prezesa banku Leszka Balcerowicza.
Jerzy Stopyra to jeden z weteranów banku centralnego. W NBP pracuje od 1986 r. W 1991 r. został dyrektorem Departamentu Polityki Pieniężno-Kredytowej (obecnie Operacji Krajowych) – jednej z kluczowych komórek w banku centralnym. Rok później znalazł się w zarządzie NBP. W latach 1998 – 2004 był nawet pierwszym zastępcą prezesa banku centralnego.
Pod koniec 2003 r. Sejm znowelizował ustawę o NBP. Wówczas wprowadzono zasadę kadencyjności członków zarządu – od tego czasu są oni powoływani na sześcioletnią kadencję, podobnie jak prezes banku centralnego i członkowie Rady Polityki Pieniężnej.
Chociaż członkowie zarządu są praktycznie nieodwoływalni, to Jerzy Stopyra jest pierwszą osobą, która pozostała na stanowisku przez całą kadencję.
