Kontrole w zakresie cen transferowych często kończą się doszacowaniem. Gdy dojdzie w ten sposób do podwójnego opodatkowania części dochodów, podatnik może domagać się jego eliminacji np. przez wszczęcie specjalnej procedury.
Podatnicy ubiegający się o APA lub posiadający już taką decyzję powinni zweryfikować wpływ aktualnej sytuacji gospodarczej na swoją działalność. Nieprzemyślane działanie może doprowadzić do wygaszenia decyzji z datą wsteczną.
Obowiązkowym elementem dokumentacji cen transferowych jest analiza cen transferowych. Wskazówki co do sposobu jej przeprowadzania zostały zawarte w rekomendacjach specjalnego zespołu działającego przy ministrze finansów.
Dzięki zastosowaniu safe harbour przedsiębiorca zyskuje pewność, że stosowana przez niego cena lub jej element zostaną uznane przez organy podatkowe za rynkową.
Zmiany, zarówno w formie i zakresie sprawozdawczości, jak i w strukturach organizacyjnych administracji skarbowej, wpływają na efektywność kontroli w zakresie cen transferowych.
Analiza danych porównawczych jest dla części podatników obowiązkowym elementem dokumentacji cen transferowych. Z kolei dla fiskusa jest podstawowym narzędziem weryfikacji warunków transakcji zawieranych przez powiązane spółki.
