Gdy kwota podatku naliczonego jest w okresie rozliczeniowym wyższa od kwoty podatku należnego, podatnik ma prawo do zwrotu różnicy na rachunek bankowy. Organ podatkowy zwraca różnicę podatku co do zasady w terminie 60 dni od dnia złożenia deklaracji przez podatnika. Przepisy ustawy o podatku od towarów i usług przewidują także krótszy, 25-dniowy, termin zwrotu. Zgodnie z art. 87 ust. 6 pkt 1 ww. ustawy na wniosek podatnika złożony wraz z deklaracją podatkową urząd skarbowy jest obowiązany zwrócić różnicę podatku w terminie 25 dni, licząc od dnia złożenia rozliczenia, w przypadku gdy kwoty podatku naliczonego wykazane w deklaracji podatkowej wynikają z faktur dokumentujących kwoty należności, które zostały w całości zapłacone, z uwzględnieniem art. 22 ustawy z 2 lipca 2004 r. o swobodzie działalności gospodarczej (dalej: ustawa o działalności gospodarczej).