Kwestia wewnętrznej struktury powinna być pozostawiona do wyłącznej decyzji szkół wyższych, które odpowiednie rozstrzygnięcia zapisywałyby w swoich statutach. Zapewniłoby to uczelniom elastyczność i umożliwiłoby też ich naturalne zróżnicowanie: uczelnie skupiające się na wyspecjalizowanym kształceniu zorganizują się inaczej niż te skoncentrowane na badaniach. A w tej drugiej grupie większą rolę będą mogły wtedy odgrywać interdyscyplinarne zespoły i centra badawcze skupiające się wokół dużych projektów, a nie organizowane wewnątrz dyscyplin naukowych. W statutach powinny być też zapisy dotyczące wspólnych przedsięwzięć uczelni z instytucjami zewnętrznymi (np. polskimi i zagranicznymi instytutami badawczymi czy instytutami PAN). Dzisiaj prowadzenie przez różne instytucje akademickie wspólnych badań czy np. studiów doktoranckich jest na tyle skomplikowane organizacyjnie, że często nie dochodzi do skutku, mimo niezaprzeczalnych argumentów merytorycznych.
Kierując uczelnią, trzeba rozumieć, że nowe pomysły i innowacje są dziełem pojedynczych badaczy i ich zespołów, zaś dziekanaty i rektorat to miejsca, w których są one łączone i organizowane. Ten sposób działania, zwany popularnie „bottom-up", odróżnia uczelnie od firm, które zazwyczaj działają w systemie „top-down", gdzie plany powstają w kierownictwie, a następnie zadania są powierzane do wykonania różnym działom i zespołom. Stąd rozwiązania korporacyjne łatwo przenosić na administrację uczelni, ale już nie na jej działalność podstawową.
Najwyższe władze uczelni to rektor oraz senat, w którym zasiadają wybrani przez społeczność akademicką przedstawiciele pracowników, doktorantów i studentów. Senat decyduje o podstawowych zasadach funkcjonowania uczelni, ale nie wkracza w zagadnienia stricte zarządcze. Natomiast rektor powinien być przede wszystkim autorem wizji rozwoju uczelni, wyposażonym w narzędzia do jej realizowania i wspieranym przez współpracowników, takich jak np. kanclerz i kwestor, o kwalifikacjach menedżerskich.
Do wypełniania przywódczej roli rektorowi potrzeba silnego mandatu środowiska, którego nie zastąpi mianowanie przez nawet najbardziej godny szacunku urząd zewnętrzny. W naszych realiach najsilniejszym i najlepiej chroniącym autonomię uczelni przed naciskami z zewnątrz jest mandat pochodzący z wyborów. Sposób wyboru rektora powinien być w przyszłej ustawie zachowany, ale połączony z wymogiem dużej przejrzystości działań oraz wyraźniej określonej odpowiedzialności rektora za decyzje i podejmowane ryzyko.
Wiele korzyści mogłoby przynieść uczelniom korzystanie z opinii osób spoza środowiska akademickiego. Nie może być to jednak związane z ograniczeniem autonomii. Te warunki spełnia dyskutowana ostatnio koncepcja konwentu lub rady złożonej w większości z osób spoza uczelni, ale wybieranych przez społeczność akademicką w uznaniu ich osobistych kompetencji. Działalność rady nie wiązałaby się z ograniczeniem uprawnień rektora i senatu. Jej zadaniem byłoby opiniowanie strategii szkoły wyższej oraz sprawozdań z jej działalności, a także poszukiwanie i wskazywanie społeczności kandydatów na rektora – również spoza uczelni.
Autor jest doktorem habilitowanym nauk chemicznych, od 2012 r. rektorem UW.
