Nie uważa się za koszty uzyskania przychodów strat w środkach trwałych oraz wartościach niematerialnych i prawnych w części pokrytej sumą odpisów amortyzacyjnych (art. 16 ust. 1 pkt 5 ustawy o CIT i art. 23 ust. 1 pkt 5 ustawy o PIT). W przypadku powstania strat w środkach trwałych oraz wartościach niematerialnych i prawnych do kosztów uzyskania przychodów przedsiębiorca nie może więc zaliczyć tej części poniesionej straty, która została pokryta sumą odpisów amortyzacyjnych.
Przykład
W wyniku silnej nawałnicy zniszczona została hala magazynowa, która jest środkiem trwałym w firmie Omega. Zniszczona hala była w 70 proc. zamortyzowana. Strat w środku trwałym (hali magazynowej) w części pokrytej odpisami amortyzacyjnymi (70 proc.) firma Omega nie może ująć w kosztach uzyskania przychodów. Jedynie pozostałe nieumorzone 30 proc. wartości początkowej tej hali może zostać (po spełnieniu ustawowych warunków) przez firmę Omega uznane za koszt uzyskania przychodów.
W przypadku strat w środkach trwałych będących samochodami organy podatkowe przyjmują, że przepisy art. 16 ust. 1 pkt 5 ustawy o CIT i art. 23 ust. 1 pkt 5 ustawy o PIT powinny być interpretowane łącznie z przepisami art. 16 ust. 1 pkt 50 ustawy o CIT i art. 23 ust. 1 pkt 48 ustawy o PIT. Jak zatem wyjaśniła Izba Skarbowa w Katowicach w interpretacji 29 kwietnia 2008 r. (IBPB1/415-100/08/AP): „(...) wartość utraconego, a będącego środkiem trwałym, samochodu w części niepokrytej odpisami amortyzacyjnymi, jeżeli utrata nastąpiła w wyniku m.in. kradzieży, może być zaliczona w ciężar kosztów uzyskania przychodów pozarolniczej działalności gospodarczej, jeżeli zostaną spełnione łącznie następujące warunki:
- samochód objęty był ubezpieczeniem dobrowolnym autocasco (AC),
- strata została właściwie udokumentowana. (...)."