NSA uchylił postanowienie wstrzymujące wykonanie zarządzenia o połączeniu tych muzeów. Wydał je minister kultury i dziedzictwa narodowego Piotr Gliński. Wyrok NSA oznacza, że może powstać jedno.
Zarządzenie zaskarżył do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Warszawie dyrektor Muzeum II Wojny Światowej oraz rzecznik praw obywatelskich. Zdaniem rzecznika zarządzenie ministra wkracza bezpośrednio w sferę samodzielności jednostki samorządu terytorialnego. Gdańsk jest w istotnej części zarządcą muzealnych obiektów. Zarządzenie ministra jest również niezgodne z ustawą o działalności kulturalnej. Utworzone przez ministra Muzeum Westerplatte powołano do życia dla pozoru. Rzeczywistym celem wydania zarządzenia było doprowadzenie do likwidacji funkcjonującego od ośmiu lat Muzeum II Wojny Światowej i całkowita zmiana profilu powstałej w ten sposób instytucji muzealnej.
WSA zdecydował się wstrzymać wykonanie zarządzenia. Uznał, że muzea nie są jednostkami organizacyjnymi podporządkowanymi ministrowi kultury i dziedzictwa narodowego. Sprawuje on jedynie nadzór założycielski, ściśle określony w ustawie o muzeach.
WSA wskazał też, że treść tego zarządzenia oraz tytuł świadczą o tym, że jest ono adresowane do indywidualnych podmiotów, jakim są te dwa muzea. Z tych powodów uznał zaskarżone zarządzenie za akt indywidualny, który podlega kognicji sądu administracyjnego.
Skargę do NSA wniósł minister. I wygrał. Naczelny Sąd Administracyjny uznał, że w rozpoznawanej sprawie wyłączona jest kognicja sądów administracyjnych. Powołał się przy tym na art. 5 pkt 1 prawa o postępowaniu przed sądami administracyjnymi.
