Ustawodawca przewidział więc kilka rozwiązań, dzięki którym w toku postępowania możliwe jest usunięcie określonych braków. Zgodnie z art. 35 ust. 1 ustawy prawo budowlane, przed wydaniem pozwolenia na budowę właściwy organ (starosta lub prezydent miasta na prawach powiatu) sprawdza zgodność projektu budowlanego z ustaleniami miejscowego planu zagospodarowania przestrzennego i innymi aktami prawa miejscowego albo decyzji o warunkach zabudowy i zagospodarowania terenu w przypadku braku miejscowego planu, a także wymaganiami ochrony środowiska. Organ sprawdza też m.in. zgodność projektu zagospodarowania działki z przepisami techniczno-budowlanymi, kompletność projektu budowlanego, posiadanie wymaganych opinii, uzgodnień, pozwoleń i sprawdzeń. Z kolei zgodnie ust. 3 art. 35, w razie stwierdzenia naruszeń w którymś z wymienionych powyżej elementów, organ administracji architektoniczno-budowlanej nakłada postanowieniem na wnioskodawcę obowiązek usunięcia wskazanych nieprawidłowości, określając termin ich usunięcia. Po jego bezskutecznym upływie wydaje decyzję o odmowie zatwierdzenia projektu i udzielenia pozwolenia na budowę.

Inwestor dostaje więc szansę poprawienia błędów. Omawiana instytucja była wielokrotnie interpretowana przez sądy. Wskazuje się, że jednym z takich braków, które stanowią podstawę do wydania postanowienia jest brak dołączonej do wniosku decyzji o środowiskowych uwarunkowaniach, gdy inwestycja tego wymaga. Są więc to braki materialne, które należy odróżnić od braków formalnych wniosków, związanych z jego określonymi niedociągnięciami mniejszej wagi (np. brak jednej kopii). Zdaniem Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Opolu (wyrok z 22 czerwca 2017 r., II SAB/Op 59/17), jeżeli wniosek o wydanie decyzji o pozwoleniu na budowę jest niekompletny pod względem formalnoprawnym, wówczas organ powinien wezwać do jego uzupełnienia w trybie art. 64 § 2 kodeksu postępowania administracyjnego. Natomiast w sytuacji materialnoprawnych braków wniosku powinien zastosować art. 35 ust. 3 prawa budowlanego, który odnosi się wyłącznie do wad materialnych dokumentacji, a więc takich, które mogą być sprawdzone i dostrzeżone na etapie analiz merytorycznych dokonywanych przez organ po wszczęciu postępowania.

Na tym jeszcze nie koniec. W nowelizacji k.p.a. z czerwca tego roku wprowadzono art. 79a, zgodnie z którym w postępowaniu wszczętym na żądanie strony, informując o możliwości wypowiedzenia się co do zebranych dowodów i materiałów oraz zgłoszonych żądań, organ jest obowiązany do wskazania przesłanek zależnych od strony, które nie zostały na dzień wysłania informacji spełnione lub wykazane, co może skutkować wydaniem decyzji niezgodnej z żądaniem strony. Organy wydające pozwolenia na budowę mają różne stanowiska w zakresie tego, czy przepis ten musi zostać zastosowany po zrealizowaniu opisywanej procedury z ustawy prawo budowlane (z art. 35 ust. 3). Trzeba jednak uznać, że co najmniej w sytuacjach wątpliwych również do takiego działania organu inwestor ma prawo i może go od organu oczekiwać.