Zgodnie z art. 54 § 1 i 2 ppsa skargę do sądu administracyjnego wnosi się za pośrednictwem organu, którego działanie, bezczynność lub przewlekłe prowadzenie postępowania jest przedmiotem skargi (jeżeli podatnik składa skargę na decyzję dyrektora izby skarbowej, to za pośrednictwem tego organu powinien wnieść skargę). Dopiero ten organ przekazuje skargę sądowi wraz z kompletnymi i uporządkowanymi aktami sprawy i sporządzoną odpowiedzią organu na skargę strony w terminie 30 dni od dnia jej otrzymania. Niedotrzymanie 30-dniowego terminu przez organ obłożone jest grzywną nakładaną przez sąd administracyjny na wniosek skarżącego. Jeżeli skarga nie zostaje w dalszym ciągu przekazana pomimo nałożenia grzywny, to sąd administracyjny może, w wyjątkowych przypadkach (gdy stan faktyczny i prawny przedstawiony w skardze nie budzi uzasadnionych wątpliwości) rozpoznać sprawę na podstawie nadesłanego mu odpisu (kopii) skargi.
Przykład
Podatnik wniósł skargę na decyzję dyrektora izby skarbowej wprost do wojewódzkiego sądu administracyjnego (pomijając organ, za pośrednictwem którego powinien wnieść pismo).
W takiej sytuacji skarga zostanie przesłana przez sąd do dyrektora izby skarbowej (tj. do organu, do którego skarga pierwotnie powinna zostać skierowana).
W takim przypadku, dla oceny dochowania terminu do wniesienia skargi (30 dni) decydująca jest data jej nadania przez sąd administracyjny w urzędzie pocztowym na adres właściwego organu. Możliwe jest zatem, że w takim przypadku, mimo nadania przez podatnika skargi w terminie, dojdzie do uchybienia terminowi dla jej złożenia.
Autokontrola
Pośredni tryb wnoszenia skargi do sądu administracyjnego, podyktowany jest – podobnie jak w przypadku odwołania – istnieniem tzw. procedury autokontroli. Zgodnie bowiem z art. 54 § 3 ppsa organ, którego działanie, bezczynność lub przewlekłe prowadzenie postępowania zaskarżono, może w zakresie swojej właściwości uwzględnić skargę w całości w terminie 30 dni od dnia jej otrzymania. Warunkiem zastosowania autokontroli przez organ administracji publicznej jest uwzględnienie skargi w całości, co oznacza uznanie za zasadne zarówno zawartych w niej zarzutów, podstawy prawnej, jak i wniosków (por. wyrok NSA z 11 maja 2011 r., II OSK 810/10). Uwzględniając skargę, organ jest obowiązany rozstrzygnąć sprawę co do istoty. W żadnym przypadku nie jest przy tym uwzględnieniem skargi w całości, o którym mowa w art. 54 § 3 ppsa, uchylenie zaskarżonej decyzji bez rozstrzygnięcia co do istoty sprawy (por. wyrok WSA w Gdańsku z 23 stycznia 2014 r., III SA/Gd 883/13). Od wydanej w tym trybie decyzji stronie przysługuje skarga do sądu administracyjnego.