Z początkiem 2017 r. zmodyfikowane zostały obowiązujące struktury JPK–VAT. W szczególności, w nowym schemacie „JPK_VAT (2)" w zakresie transakcji sprzedaży dodano nowe pola, tj. „NrKontrahenta" obligujące do podania numeru VAT nabywcy oraz „K_39" (kwota podatku od wewnątrzwspólnotowego nabycia paliw silnikowych, podlegająca wpłacie w terminach, o których mowa w art. 103 ust. 5a i 5b ustawy). W strukturach dotyczących zakupu dodano pole „DataZakupu" (data wystawienia dowodu zakupu) oraz pole „K_50" (korekta podatku naliczonego, o której mowa w art. 89b ust. 4 ustawy). W porównaniu do schematu JPK–VAT (1), w nowym schemacie wypełnienie pól: „NazwaKontrahenta" (w poprzednim schemacie „Nabywca") oraz „AdresKontrahenta" (poprzednio „AdresNabywcy") stało się obowiązkowe. Zmieniły się ponadto nazwy niektórych pól.