Jednocześnie podjął pracę nad zakrojoną na kilka tomów biografią Piłsudskiego. Przed wojną zdołał ogłosić jedynie dwa pierwsze tomy (t. 1 1867 – 1901 i t. 2 1901 – 1908, Warszawa 1936), które i tak stanowiły naukowe wydarzenie. Oparto je bowiem na niezwykle szczegółowej i szerokiej kwerendzie z wykorzystaniem relacji świadków. Znacznie przerastało ono inne książki o Piłsudskim, często pisane „na kolanach” i z propagandowym celem na oku. A że książka Poboga pisana była odmiennie, przeto stała się wiarygodnym punktem odniesienia w debacie nad miejscem Piłsudskiego w najnowszej historii. Jej autor ogłosił jeszcze „Akcję bojową pod Bezdanami, 26 września 1908”, a także tom dokumentów o Narodowej Demokracji. Ugruntował swą pozycję dodatkowo jako sekretarz dużego przedsięwzięcia zatytułowanego „Polska i Polacy w cywilizacji świata”, a także biogramami w „Polskim słowniku biograficznym” i artykułami w „Niepodległości”.
Od 1931 roku aż do wybuchu wojny Pobóg był naczelnikiem Wydziału Historyczno-Naukowego w Ministerstwie Spraw Zagranicznych. Po kampanii wrześniowej wstąpił do Armii Polskiej we Francji (22 stycznia –
1 lipca 1940), a po klęsce Francji zaangażował się w prace podziemnej Polskiej Organizacji Walki o Niepodległość, która wyświadczyła aliantom przeogromne przysługi na polu informacji i przed „D-Day”. Gdy Francja zrzuciła jarzmo, Pobóg został kierownikiem Referatu Wojskowego w Konsulacie RP w Paryżu (grudzień 1944 – 5 lipca 1945), a po cofnięciu uznania dla rządu RP został oficerem Polskiej Misji Likwidacyjnej w Paryżu (do 8 marca 1948). Pracował jednocześnie dla Sekcji Polskiej Radia Francuskiego.
Upadek sprawy polskiej podczas II wojny odczuł bardzo dotkliwie, poszukiwał form działania, także naukowego. Przyjął więc z wdzięcznością ofertę Instytutu Piłsudskiego w Nowym Jorku i został jego członkiem korespondentem. Już w sierpniu 1945 roku tamtejszy dyrektor Wacław Jędrzejewicz podjął starania o sprowadzenie Poboga do Stanów Zjednoczonych. Chciał bowiem zbudować silne ideowo i intelektualnie środowisko piłsudczykowskie w USA. Mało tego, przemyśliwał wraz z gen. Sosnkowskim, aby przenieść rząd RP z Londynu do Stanów Zjednoczonych, bo tam znajdowało się przecież centrum geopolitycznej rozgrywki o przyszłość cywilizacji zachodniej. Ani jednego, ani drugiego zamysłu wykonać się nie udało.
Pobóg-Malinowski pozostał więc na zachodzie Europy, pisząc i pozostając w ścisłym kontakcie z nowojorskim instytutem. Ogłosił dwa pierwsze tomy „Najnowszej historii politycznej Polski”, którą nowojorski instytut dystrybuował i na którą udzielił finansowej gwarancji. W „Zeszytach Historycznych” opublikował korespondencję syberyjską Piłsudskiego z Leonardą Lewandowską, która nie spodobała się wdowie i londyńskiej grupie piłsudczyków. Charakterystyczne, że do końca życia nie opublikował niczego w londyńskiej prasie czy periodykach, nawet rocznicową biografię swego bohatera wydał mu w Londynie „Komitet Wydawniczy” (1967), a nie tamtejszy instytut.
Zmarł w Genewie 21 listopada 1962 roku. Niedokończony tom trzeci epokowej „Najnowszej historii politycznej Polski” uzupełnili i wydali świadkowie epoki. Wznawiano to dzieło wielokrotnie, także w okresie stanu wojennego. Nie straciło bowiem aktualności.
