Z uwagi na przyjętą metodę udzielenia pomocy i skomplikowaną, niejednoznaczną treść dokumentacji programowej, wielu przedsiębiorców nie wie, w jaki sposób może dochodzić swoich racji, gdy nie podzielają stanowiska Polskiego Funduszu Rozwoju co do wysokości zwrotnej części subwencji finansowej. Problemy zaczynają się już na etapie wyboru rodzaju postępowania. Sądy administracyjne czasem uznają swoją właściwość, a czasem nie. Taka sytuacja godzi w pewność obrotu gospodarczego.
Wielu przedsiębiorców, znajduje się w mało optymistycznej sytuacji finansowej. Niektórzy są wzywani do zwrotu otrzymanych środków w całości, niektórzy do części większej niż zakładali, a niektórzy wciąż nie mogą uzyskać pomocy w kwocie, która – jak uważają – była im należna na gruncie dokumentacji programowej.